O jogo tem seu início com a chegada de Desmond Miles, sequestrado e levado a uma empresa chamada Indústrias Abstergo.
Desmond é o último decendente de uma longa linhagem de Assassinos que, sem saber da história de seus antepassados, exerce a função de barman no ano de 2012, em que se passa parte da hisória.
Ao chegar, Miles é conduzido a um laboratório e apresentado a um cientista e sua assistente que, por meio de tecnologias avançadas e uma espécie de “máquina do tempo” (o Animus), pretendem usá-lo como cobaia para criar um elo com seus ascendentes Assassinos.
O Animus foi desenvolvido após anos de estudos e pesquisas com a finalidade de resgatar as memórias genéticas de Desmond Miles e revelar os passos de Altaïr – antepassado de Desmond distante no tempo por mais de 800 anos – em suas lutas e aventuras.
